Ngày 31/8/1858 thực dân Pháp tấn công Đà Nẵng mở đầu cuộc chiến tranh xâm lược đặt ách thống trị thuộc địa lên đất nước Việt Nam. Trong gần 100 năm nhân dân Việt Nam đã anh dũng tiến hành cuộc kháng chiến giải phóng dân tộc giành độc lập tự do cho Tổ quốc. Ngày 2/9/1945, sau thắng lợi của Cách mạng Tháng Tám, Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc Tuyên ngôn Độc lập, chấm dứt ách đô hộ của thực dân Pháp, khẳng định quyền độc lập tự do của nhân dân Việt Nam. Nhưng thực dân Pháp và sau đó là đế quốc Mỹ tiếp tục tiến hành chiến tranh xâm lược, âm mưu khôi phục ách thống trị và thiết lập chế độ thực dân kiểu mới ở Việt Nam. Trong suốt 30 năm, nhân dân Việt Nam lại phải kiên cường chiến đấu với biết bao hy sinh gian khổ để bảo vệ nền độc lập tự do của mình.
Ngày 30/4/1975, cuộc kháng chiến của nhân dân Việt Nam giành thắng lợi hoàn toàn: hòa bình, độc lập, chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc được khôi phục.
Để lưu lại những chứng tích anh hùng của nhân dân Việt Nam trong cuộc đấu tranh chống các thế lực xâm lược, đồng thời để tố cáo những tội ác và nêu bật những hậu quả tàn khốc của cuộc chiến tranh xâm lược, ngày 4/9/1975 Nhà Trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy được mở cửa phục vụ công chúng. Sau đó, Nhà Trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy được đổi tên thành Nhà Trưng bày Tội ác Chiến tranh xâm lược (ngày 10/11/1990) trước khi trở thành Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh (ngày 4/7/1995).