Ngôi chùa Việt Nam Quốc Tự tọa lạc trên cơ sở đất bốn mẩu, trước kia là số 16 đường Trần Quốc Toản Sai Gon nay là 244 đường 3 tháng 2 thành phố Hồ Chí Minh.
Sau khi phật giáo tranh đấu chống đối sự kì thị tôn giáo của chế độ độc tài tàn bạo đối với phật giao năm 1936 và rồi chánh quyền đó bị sụp đổ.
Cuối năm 1963 thì thành lập giáo hội phật giáo Việt Nam thống nhất và đồng thời cũng được chánh quyền kế tiếp sau khi lật đổ chế độ độc cho giáo hội một miếng đất rộng bốn mẩu tại số 16 đường Trần Quốc Toản với danh nghĩa là mướn thời hạn 99 năm chỉ với một đồng bạc tượng trưng và được tiếp tục khi hết hạn.
Vậy là ngôi chùa Việt Nam Quốc Tự được xây dựng trên đất này vào đầu năm 1964. Khởi đầu xây dựng đơn giản vách gạch lợp tole để cho chư tăng ni phật tử có nơi lễ bái khi mới thành lập giáo hội và trụ trì đầu tiên là hòa thượng Thích Thiện Hoa vào năm 1964 nhưng buổi đầu vì công việc phật quá nhiều nên hòa thượng Thiện Hoa xin nghỉ để dồn sức vào chức vụ phó viện trưởng Viện Hóa Đạo . Kế tiếp đầu năm 1965 thì hòa thượng Thích Từ Nhơn được thỉnh cử đảm nhiệm trụ trì Việt Nam Quốc Tự cho đến nay và hiện nay hòa thượng Từ Nhơn là thành viên hội đồng chứng minh cũng là phó chủ tịch thường trực hội đồng trị sự trung ương giáo hội phật giáo việt nam .
Đáng lí ra thì ngôi chùa Việt Nam Quốc Tự được xây dựng quy mô lớn lao theo đồ án thiết kế của kiến trúc sư Khôi Nguyên La Mã. Nhưng vì sự tranh đấu liên tục của giáo hội lúc bấy giờ chống ngoại bang đòi độc lập tự do cho đất nước nên chưa xây dựng ngôi chùa theo đồ án và rồi sau ngày đất nước hoàn toàn giải phóng 1975 thì có thời gian 10 năm chùa bị hoang phế nên nhà nước tạm thời trưng dụng . . . Nhưng hình ảnh tháp chơ vơ hoang tàn vẫn mang dáng dấp chùa chiền ai khi qua nhìn thấy cảnh cũng ngậm ngùi và thời gian dài cũng không ai đứng ra kêu xin nên hòa thượng Từ Nhơn với danh nghĩa trụ trì cũ, hòa thượng gửi đơn xin lại đất và chùa Việt Nam Quốc Tự. Sau 5 năm thì được nhà nước trả lại cho khuông viên đất 3.712 thước vuông và ngôi tháp còn dang dở và hòa thượng kí nhận ngày 28 tháng 02 năm 1993 nhằm ngày 8 tháng 2 lễ vía phật xuất gia vô cùng quí giá . Tuy chùa và đất không lớn rộng lắm nhưng ở vị trí rất tốt mà điều quan trọng nhất vẫn giữ được tên việt nam quốc tự cùng với một phần đất gọi là kỷ niệm nơi mà hàng ngàn tăng ni và phật tử chết chóc tù đầy vì đấu tranh để bảo vệ đất nước, bảo vệ đạo pháp
Sau khi kí nhận miếng đất và ngôi tháp dở dang với danh nghĩa Việt Nam Quốc Tự thì hòa thượng cố gắng lo trùng tu nhưng với chủ trương là không lạc viên tiền, không kêu gọi nên có gì thì bán nấy để làm chùa và các phật tử lần lần hỗ trợ thêm nên mãi đến 10 năm mới hoàn thành ngôi tháp 7 tầng và các cảnh phật để tăng ni phật tử và khách thập phương chiêm bái.
Có một đặc điểm nữa là chùa được chủ tịch nước Lê Đức Anh chỉ đạo cho dựng lại bảng hiệu việt nam quốc tự sở dĩ có như thế là do có thời gian chùa bị hoang phế như đã nói trên nên hiệu chùa không còn và khi phục hồi trở lại thì danh nghĩa tên chùa quá lớn nào là việt nam nào là quốc tự nên giáo hội cũng như chính quyền địa phương chưa nhất trí việc phục hồi lại tên chùa củ Việt Nam Quốc Tự . Nhưng phúc duyên đặc biệt của chùa được sự quan tâm của chủ tịch nước và chỉ đạo cho dựng lại bảng hiệu chùa nơi đây nói lên công đức của đất nước mà đứng đầu là vị chủ tịch nước tạo một hình ảnh cao cả và quí báo của đất nước xã hội chủ nghĩa việt nam nói chung chủ tịch nước Lê Đức Anh nói riêng rất tốt đẹp cho sự tín ngưỡng của phật giáo việt nam
Nay tuy chỉ với ngôi tháp 7 tầng và 3.712 thước vuông nhưng vẫn là sự tồn tại của Việt Nam Quốc Tự và cũng nói lên niềm hoan hỉ cho những người con phật những tấm lòng cao cả biết hiến dâng đời mình cho đất nước dân tộc và đạo pháp . vậy thì tháp vẫn mang danh nghĩa là chùa và chùa cũng tức là tháp tất cả đều chuyển biến trong sự hòa hợp và huyền ảo của phật pháp, thể hiện với 1 tấm lòng sau 5 năm kêu cầu sau 10 năm trùng tu đã thành tựu cảnh phật trang nghiêm Việt Nam Quốc Tự hiện nay và mãi mãi về sau.